A faculdade tem sede num edifício cujo projeto inicial do século XIX foi da autoria do arquiteto José Maria Nepomuceno, situado no Campo dos Mártires da Pátria (também conhecido por Campo de Santana).

O edifício sede, onde em tempos esteve sediada a Escola Médico-Cirúrgica de Lisboa e depois a Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa (transferida para a Cidade Universitária em 1953), foi construído no local onde existiu uma Praça de Touros e tem em frente à sua magnífica fachada, a estátua de homenagem ao Dr. Sousa Martins, conhecido médico beatificado pelos lisboetas.

Trata-se de um imponente imóvel no qual colaboraram os melhores artistas da época, destacando-se os painéis de Veloso Salgado na sala dos Actos, os azulejos de Jorge Colaço nos Passos Perdidos, os quadros de Columbano na sala dos Juris e o quadro "O Mestre" (1914), obra de Carlos Bonvalot (1893-1934), que representa uma lição de Anatomia dada pelo Professor Henrique de Vilhena.

A Faculdade tem por missão o serviço público para a formação e investigação de excelência nos domínios das ciências médicas e da saúde.